La Confraternita fu istituita nel 1566 lungo la scalinata napoleonica nel centro storico di Portoferraio. Il suo fondatore fu don Giovanni de’ Medici, commissario della città sotto il pontificato di Pio V e la Chiesa ebbe la sua sede iniziale presso l’altare del Crocifisso della chiesa parrocchiale. Sull’esempio della più antica consorella fiorentina promosse opera di volontariato per i poveri e i malati della città e nel 1861 fu costruito anche un cimitero che è tuttora in esercizio. Il 24 novembre 1922 Papa Pio XI elevò il sodalizio, che oggi opera con accresciuti mezzi, alla dignità di Arciconfraternita.
La chiesa della Misericordia ha un organo a canne costruito nel 1792 e, dal 1852, ogni anno nel giorno del 5 maggio vi si celebra una messa in onore di Napoleone. Nel 1746 venne eretta, in posizione attigua, la cappella dedicata alla Vergine di Loreto: l’immagine della Madonna Nera, scolpita in legno e risalente al XVII secolo, vi venne portata dalla vecchia cappella della Torre della Linguella.
Fra i cimeli storici che la Chiesa della Misericordia conserva: paramenti, vasi sacri e arredi del XVIII e XIX secolo (parati e veli omerali; calici e ostensori; crocifissi e turiboli); nell’adiacente Museo una maschera in bronzo di Napoleone morente (dono del Principe Anatolio Demidoff, pronipote dell’imperatore francese) e un calco in bronzo della mano dell’imperatore, dono del Museo parigino Les Invalides.
L’attuale chiesa ove ha sede l’Istituzione fu edificata nel 1677 e conserva le reliquie di S. Cristino e la pala d’altare del 1793, di autore locale ignoto, che raffigura la Madonna della Misericordia con San Cristino e San Cerbone.
L’intervento si è reso necessario in quanto i mozzi metallici di sostegno delle campane si erano ossidati a causa della continua e diretta esposizione agli agenti atmosferici.